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學習：Linux & Mac 安裝R程序和R語言包
最近新接手了語音報表工作，需要用R語言來進行語音報表係統的開發。作為一個初次接觸R的小白，第一步便是在Linux服務器上安裝R程序和R語言包，踩了很多坑，痛定思痛，在此寫下Linux安裝R程序和R語言包的過程，給大家參考。
安裝R程序包
./configure --prefix=<YOUR_R_HOME> --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-x=no
make
make install
參數解釋:
prefix 指定R安裝目錄，需要絕對路徑，默認安裝在R源代碼目錄下，建議指定特定目錄，後續好維護。
with-readline 使用係統的readline庫，如果係統上沒有libreadline，此選項填“no”,但是強烈推薦使用此選項，否則編譯出來的R極其難用。如何安裝libreadline，參見這裏。安裝好libreadline後，但是R配置時找不到，可能是libreadline.so沒有在係統目錄（如/usr/local/lib）中，參見這篇文章排查問題。
with-libpng 使用係統的libpng庫，用於導出png圖片，libpng下載地址，參見這裏。
with-x 表示是否使用X-Windows係統，也就是類Unix操作係統的GUI，由於我的服務器是沒有安裝這個的，所以這一項選擇”no”（一般的服務器也不會安裝這個）。
安裝R語言包
R的包（package）通常有兩種：
- binary package：這種包屬於即得即用型（ready-to-use），但是依賴與平台，即Win和Linux平台下不同。
- Source package: 此類包可以跨平台使用，但用之前需要處理或者編譯（compiled）。
由於在生產機上，所以采用packages source安裝，安裝命令為：
# R CMD INSTALL /.../myPackage.tar.gz
R的使用
.libPaths()：查看包的安裝目錄
library()：查看已經安裝的包目錄
installed.packages()：查看已安裝包信息
library(mypackage)：載入mypackage包
getOption("defaultPackages")：查看啟動R時自動載入的包。
help(package = 'mypackage')：查看‘mypackage’的幫助
args(function)：查看函數的參數
example(function)：自動運行該函數幫助文檔中的例子，很讚！
demo("package")：展示一些包中demostration，需要再看下？？
vignette('mypackage')：有的包，特別是bioconductor的包有vignette，用函數查看
openVignette('mypackage')：這個函數也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")：搜索R網站上的“helpinfor”相關信息
help.start()：查看已經安裝包的詳細HTML文檔，這個命令非常爽。
更新：
search()：查看當前載入的包
sessionInfo()：查看R中載入的包
Sys.getenv("R_HOME")：查詢R HOME安裝地址
Sys.getenv("HOME")：查詢用戶HOME地址
methods()：查看某個S3泛型函數中所有的方法或者一個類中所有的方法（S3：S version 3）
showMethods(class = "myClass")：查看S4類的方法
findMethods("myMethods")：查看method的代碼
class(myObject)：查看某個對象的類
getClass(“class/package”)：查看某個class或者包的具體內容
getSlots("class")：查看某個class的slot
slotNames(MyObject)：查看某個對象的slot。
FAQ
問題：
- Quitting from lines 94-122 (rp_tts.Rmd) Error in strsplit(unitspec, " ") : non-character argument Calls: ... fullseq.Date -> seq -> floor_date -> parse_unit_spec -> strsplit Execution halted
解決辦法：
- 參考此處，將breaks改為date_breaks。
參考資料：
https://yulongniu.bionutshell.org/blog/2010/09/04/linux-install-r/
https://www.cnblogs.com/bourneli/p/3300887.html
最後更新：2017-07-04 17:02:32